Le qualificatif de durable a été utilisé pour caractériser aussi bien une relation souhaitée, probablement utopique, entre l’Homme et l’environnement, que les relations, souvent idéalisées, entre organismes fortement associés. Dans les deux cas ce qualificatif nous renvoie à deux questions structurantes, d’une part « Qu’est-ce qui fait que les relations interspécifiques ont pu perdurer dans le temps ? » et d’autre part « Quel est le devenir de ces interactions ? ».
Les organismes n’existent pas par eux-mêmes mais comme membres d’un cortège : chaque espèce possède un ensemble de parasites, de mutualistes, de prédateurs et de commensaux. Ce cortège fait partie du "phénotype étendu" de l’espèce, c’est-à -dire, qu’il modifie son succès écologique et sa valeur sélective, de façon positive ou négative. Aujourd’hui, l’Homme fait toujours partie de ce cortège. La nature et les effets de ces interactions peuvent d’ailleurs varier en fonction du milieu et dans le temps : par exemple l’Homme peut passer du statut de prédateur d’un animal à celui de mutualiste à la suite de la domestication de ce dernier, ou bien même conserver les deux statuts si l’espèce subsiste à l’état sauvage. De même, sur un temps long, au cours de l’évolution, une interaction peut se modifier et même changer de nature avec l’émergence de tricheurs ou d’une coopération, l’évolution de la virulence, voire même la dissolution du lien interspécifique. Pour comprendre les interactions il faut donc les interpréter à la fois dans leur cadre écologique, à un instant donné, et comme le résultat d’une évolution passée entre les espèces impliquées (co-évolution). De toute évidence, depuis l’apparition de l’Homme, celui-ci a tellement affecté les milieux que l’histoire récente des espèces et des interactions interspécifiques présente généralement une composante d’anthropisation qui s’ajoute à une composante dynamique liée aux changements dans un passé plus profond, comme par exemple, les changements climatiques du Pléistocène. Cette composante dynamique—qu’elle soit d’origine naturelle ou anthropique—induit souvent des situations de déséquilibre génétique. Dans ces cas la génétique des populations classique ne s’applique plus car il faut aussi prendre en compte des aspects de dynamique des populations.
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