Le consortium international Terragenome, animé par une équipe française, fédère les efforts de recherche afin d'aboutir au séquençage complet du génome de tous les micro-organismes du sol. Un défi colossal à relever, qui ouvre d'innombrables perspectives.
Un séquençage exhaustif du génome de tous les micro-organismes du sol ? « Il y a quelques années, un tel projet était totalement inenvisageable, en raison de l'ampleur de la tâche. Les progrès en microbiologie, séquençage, robotique et bio-informatique le rendent aujourd'hui réalisable », analyse Pascal Simonet, co-animateur de l'équipe « Génomique microbienne environnementale » au sein du laboratoire Ampère1. Le défi, cependant, reste de taille, et seule une action internationale permettra de le mener à bien. En décembre 2008, le consortium international pour la métagénomique2 du sol, Terragenome, a donc été inauguré. Coordonnée par les chercheurs du laboratoire Ampère, cette structure informelle a notamment une vocation d'appui aux scientifiques étrangers, afin qu'ils obtiennent les moyens de coopérer au projet français Metasoil3, première étape de « l'aventure scientifique » de ce séquençage. Ce dernier représente le plus vaste réservoir planétaire de biodiversité. « Les bactéries et autres champignons qu'il recèle présentent un rôle capital dans le fonctionnement de notre biosphère », rappelle Pascal Simonet. En outre, les enzymes produites et les composés issus de leur métabolisme secondaire ont un intérêt industriel et pharmaceutique considérable. « Actuellement, 70 % des antibiotiques présents sur le marché sont issus de bactéries du sol », précise le scientifique. « Mais ils proviennent d'une infime fraction de la biodiversité bactérienne totale ! Le reste, encore inexploré, constitue un réservoir quasi inépuisable de nouvelles molécules bioactives, dépassant largement ce qui pourra jamais être synthétisé. »
En moyenne, chaque gramme de sol renferme un milliard de cellules bactériennes, mais il est encore impossible de définir le nombre d'espèces présentes. « Les difficultés à étudier, donc les freins à l'exploitation de la biodiversité de ce milieu ont plusieurs causes. D'une part moins de 1 % de ces micro-organismes peuvent être cultivés in vitro, d'autre part, le sol est complexe et hétérogène : des zones s'apparentent à des mégalopoles surpeuplées et peu accessibles à l'investigation, et d'autres sont de véritables déserts microbiens. En outre, la plupart de ces espèces ne comprennent que quelques individus. »
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